W języku Jython każdy skrypt jest kompilowany do kodu bajtowego Java, a następnie jest uruchamiany przez wirtualną maszynę języka Java (JVM). Jednak język Java nakłada limity dotyczące wielkości pojedynczego pliku kodu bajtowego. Dlatego próba załadowania kodu bajtowego przez Jython może doprowadzić do awarii JVM. Program SPSS Modeler nie jest w stanie zapobiec temu, co się dzieje.

Należy upewnić się, że skrypty w języku Python są pisane zgodnie z dobrymi praktykami programowania (polegającymi m.in. na minimalizacji powielającego się kodu poprzez wykorzystanie zmiennych lub funkcji do obliczania wartości wspólnego języka pośredniego). Jeśli to konieczne, należy podzielić kod dla plików źródłowych lub zdefiniować go przy użyciu modułów, ponieważ są one kompilowane do oddzielnych plików kodu bajtowego.